La última Era Glacial en el Ecuador terminó hace 18.000 años, en que el nivel del mar disminuyó unos 120 metros por debajo del nivel actual, (Siddall et al., Sea-level fluctuations during the last glacial cycle, Nature, 2003). Esta es la época atribuida a la primera colonización del Continente Americano por migraciones asiáticas.
En el Ecuador los glaciares han dejado sus huellas y muchos autores (Ref. Hoffstestter. Pág. 103) los asocian su existencia antes y después de la Formación Cangagua, ((Pleistoceno superior y Holoceno), de ahí la importancia que tiene la última Glaciación para la Geología en este país del Trópico. En consecuencia, es probable que los glaciares se extinguieran mientras el volcanismo Cuaternario diera origen a las planicies de la Costa Ecuatoriana.
Lo que resta de uno de los antiguos glaciales del Ecuador se encuentra en El Cajas, a 20 Km al Oeste de Cuenca. El origen de la roca del Parque es de la era Mesozoica o Secundaria entre hace 120 y 200 millones de años, Era en la que empiezan los plegamientos andinos con grandes fenómenos volcánicos en Sudamérica.
El complejo lagunar data de la era Antropozoica o Cuaternaria (entre hace uno o dos millones de años, Era en la que se dan las formaciones glaciares, vive el mamut y se da el origen y desarrollo del hombre. Durante el tiempo de la deglaciación en las elevaciones, se labraron los valles formando las pequeñas lagunas, típicas de las antiguos glaciares, que se encuentran cercanas a los 3000 m de elevación. (Colaboración LMN.)